Además de los microscopios y las placas de Petri, las computadoras son una herramienta importante para los microbiólogos. El software para la investigación en microbiología incluye herramientas utilizadas por otras disciplinas científicas y de ingeniería, así como aplicaciones especializadas para el estudio de bacterias y otros microorganismos. Muchas aplicaciones desarrolladas por agencias gubernamentales, fundaciones sin fines de lucro o investigadores académicos están disponibles como software gratuito para descargar y usar según lo requiera su experimento o laboratorio.
Herramientas de visualización
Una imagen física o mental de los datos en bruto que recopila puede ayudarlo a comprender mejor su calidad, significado e implicaciones. El software de visualización de datos comercial y de código abierto está ampliamente disponible para la investigación en microbiología. Cree tablas y gráficos de sus datos utilizando LibreOffice Calc, Excel de Microsoft o el sistema de visualización de datos Mondrian. Las aplicaciones Cell-O y RasMol le ayudan a crear modelos animados en 2D y 3D de moléculas biológicamente significativas como proteínas y aminoácidos.
Modelo matematico
Las grandes colecciones de datos microbiológicos a menudo producen información más significativa una vez que se han analizado numéricamente. Paquetes de software MATLAB, Octave y SciPy que realizan refinamiento matemático, análisis y modelado de datos científicos. Utilice estos paquetes para realizar estimaciones de parámetros a través del ajuste de curvas, predicciones epidemiológicas, simulaciones de crecimiento bacteriano y eliminación de ruido de datos o efecto estocástico. Esta aplicación también realiza cálculos estadísticos, como análisis de varianza o pruebas de Chi-cuadrado.
Bioinformática del genoma
Las aplicaciones de software de microbiología también le ayudan a visualizar y extraer información de la secuencia de ácidos nucleicos que forman el ADN de un microorganismo. La Open Bioinformatics Foundation proporciona aplicaciones gratuitas de secuenciación y análisis de ADN de código abierto como BioJava y Biopython que extraen datos de los bancos de información del genoma, analizan el código de ADN de un organismo y lo comparan con otras muestras de ADN. Los paquetes de análisis del genoma adicionales incluyen Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package o PHYLIP, y Sequence Manipulation Suite, o SMS.
Software de referencia
El rápido ritmo de los descubrimientos científicos en microbiología y los cambios en las regulaciones gubernamentales hacen que sea esencial que los microbiólogos tengan fácil acceso a la información que afecta su trabajo. HUGO es un paquete de software comercial que proporciona a los microbiólogos información actualizada sobre herramientas, productos químicos, equipos, medios de cultivo, requisitos de seguridad, nuevos organismos, cambios taxonómicos y antibióticos. Además, los microbiólogos que trabajan en ciencias de los alimentos pueden utilizar la aplicación web ComBase Browser para acceder a los datos microbiológicos relacionados con los alimentos proporcionados por agencias gubernamentales en el Reino Unido, Australia y los Estados Unidos.
